L’ambition scientifique de la Fondation s’articule autour de six axes :
- Sources de conflictualités/modes de régulation des sociétés contemporaines ;
- Puissances (ré-)émergentes et globalisation : Brésil, Russie, Inde, Chine ;
- Migrations, mobilités et problématiques urbaines ;
- Risques économiques, environnementaux et sanitaires/développement durable ;
- Enjeux démocratiques : droit, éthique, technologies de l’information et de la communication ;
- Le mouvement des idées : histoires culturelles, histoire des sciences, littératures et mises en images.
La FMSH développe également des programmes portant sur des aires géographiques. L’activité de la Fondation se lit à travers ses programmes d’invitations et d’accueil, sous la forme de bourses postdoctorales, d’accueil de chercheurs confirmés, d’accueil de chercheurs à la Maison Suger. La Fondation s’est fortement investie dans la participation à des réseaux. Elle héberge le Réseau Français des Instituts d’Etudes Avancés (RFIEA), le Réseau Asie, le GIS du réseau des Maisons des Sciences de l’Homme, une association d’éditeurs de la recherche français (ADERES) et une association d’éditeurs de la recherche européenne (AEUP), dans les humanités.