L’implantation dans les magasins se fera en fonction des formats et des types de supports :
• Le magasin 1 accueillera les documents fragiles, de petit format sur supports spécifiques : les plaques de verre, les films, les microformes, les négatifs, les diapositives et les photographies. Ceux-ci seront placés sur des rayonnages fixes plutôt que mobiles. Les rayonnages fixes assureront, en effet, une meilleure stabilité pour ce type de documents.
• Le magasin 2 accueillera les grands formats : cartes, plans et rouleaux. Il sera aménagé avec des meubles à plans, portes-rouleaux, voire des rayonnages fixes pour les grands folios imprimés (rangement à plat).
• Le magasin 3 (collections rares imprimées) accueillera les imprimés aux formats les plus courants (in-16, in-12, in-8, in-4 et folio). Une partie des rayonnages sera mobile.
Par ailleurs, sept autres magasins dans le sous-sol sont destinés à la conservation des archives scientifiques.